【あらすじ】

　西暦末に起こった「災禍の聖戦」と呼ばれる終末戦争を経て、時は「Rebuild World」。地球圏は地球連合という新たな体制の下で復興し、穏やかな時代を迎えていた。

　しかしR.W.120年4月11日。「災禍の聖戦」終結と地球連合発足120周年を迎えた記念すべきその日、アデレードで開かれていた記念式典の場で地球連合大統領であるメアリー・フローレンスがエリアL3自治区政府の大使によって暗殺される事件が発生した。その直後にはエリアL3自治区にあるスペースコロニー「ニネヴェ」に対して正体不明のMSによる核攻撃が行われ、夥しい数の死者を出した。この「4月11日の惨劇」によってかねてより地球連合に不満を募らせていたエリアL3自治区と地球連合の対立は決定的となり、世界は自らを独立国家「共和国カルデア」と自称するエリアL3自治区等「反連合同盟」と地球連合による泥沼の戦乱に巻き込まれる事になった。

　R.W.132年、地球連合軍と反連合同盟軍の戦いが始まって12年の時を経ても争いは未だ終わりが見えず、泥沼の様相を呈していた。家族と故郷を反連合同盟軍の攻撃で奪われた少年ハルマ・アカツキは、彼等への復讐を果たすべくL5宙域のスペースコロニー「ネアポリス」にある地球連合軍士官学校附属のMSパイロット養成アカデミアで訓練に励んでいた。そんなある日、休暇で町に出掛けた彼は「宇宙万事屋」を名乗る三人組に追われていた神秘的な美少女ルチア・エクシリアと運命的な出会いを果たす。同期生のアシュリー等の助けもあり彼等の追跡を振り切った二人だったが、今度は反連合同盟軍によるコロニー襲撃に巻き込まれてしまうのだった。

　コロニーの内外で展開される戦闘の最中、避難しようとする二人は偶然にもあるMSと邂逅する。それは「災禍の聖戦」を終結に導き人類を救ったとされる伝説のMS「ガンダム」に似た姿をしていた。しかしコロニーに侵入した同盟軍のMSはそこにも迫りつつあった。迫り来る家族と故郷の「仇」を前に意を決したハルマはルチアと共に、伝説の名を受け継ぐ地球軍の最新鋭MS「ガンダムα-1”センチュリオン”」に乗り込み起動させる。

二人の少年少女と伝説の名を持つ機動兵器が出会う時、運命の物語は幕を開ける・・・